Memandangkan tanah pertanian adalah terhad, untuk menanam monokultur kelapa sawit, tanah yang digunakan untuk penanaman lain atau hutan tropika perlu dibersihkan. Daripada jumlah pembalakan di Indonesia, sehingga 80% dilaporkan dilakukan secara tidak sah.[12] Ancaman alam sekitar yang utama ialah pemusnahan hutan hujan di Indonesia, yang dianggarkan pada 0.84 Mha hutan primer setahun dari tahun 2000 hingga 2012.[13] Ini memerlukan pengurangan biodiversiti dan perubahan ekosistem yang menyebabkan kemusnahan habitat spesies terancam seperti gajah Borneo, gajah Sumatera, harimau sumatera, badak sumatera, dan pelbagai jenis orangutan yang hanya boleh didapati di hutan Borneo dan Sumatera.

Penebangan hutan juga menjadikan Indonesia salah satu pemancar gas rumah hijau terbesar. Karbon Dioksida (CO2) dikeluarkan di atmosfera secara besar-besaran dengan pemotongan tanah gambut tropika, yang merupakan sinki karbon, menurut Greenpeace.[14] Sebab lain ialah kebakaran hutan haram untuk membersihkan tanah untuk ladang kelapa sawit. Menurut WWF misalnya, pada tahun 1997 sekitar 0.81 hingga 2.57 gigatons karbon dilepaskan oleh kebakaran yang mewakili "13-40% dari purata tahunan pelepasan karbon global dari bahan api fosil tahun itu".[15]

IPerladangan kelapa sawit perindustrian juga berdampak negatif terhadap kualiti tanah, air dan udara kerana mereka sering bergantung pada penggunaan produk bahan kimia pertanian, seperti racun perosak atau baja.[13]

Langkah pemulihan

Satu moratorium kerajaan mengenai pembersihan hutan baru berkuat kuasa mulai 2011 hingga 2015.

Lembaga Minyak Sawit Indonesia telah merancang untuk mengadopsi bahan-bahan penanaman baru di ladang-ladang yang lebih tua yang boleh menggandakan hasil berbanding dengan kadar tahunan 4 ton minyak setiap hektar. Di samping itu, kerajaan akan menggalakkan pembangunan tanah yang terdegradasi yang sesuai untuk menanam pokok kelapa sawit. Kawasan ini dilaporkan 14 juta hektar di empat wilayah di Kalimantan, di bahagian Indonesia di Borneo.